L'Estonie fait preuve d'une solide gestion de l'environnement avec une couverture forestière de plus de 50 % et des objectifs ambitieux en matière d'énergies renouvelables dans le cadre de l'UE. La qualité de l'air est stable, les ressources en eau sont bien gérées et le pays est en train de passer d'une dépendance aux schistes bitumineux à l'énergie éolienne et à la biomasse. Le changement climatique entraîne des températures plus élevées (+1,5°C depuis les années 1990), des hivers plus humides et des risques d'inondation croissants le long de la côte baltique, ce qui incite à des politiques d'adaptation. Les zones protégées couvrent 21 % des terres, soutenant la biodiversité dans un contexte de menaces modérées de catastrophe naturelle, principalement dues aux tempêtes et aux inondations.